延喜4年（904年）宇多法皇の勅願所として山城醍醐寺の聖宝理源大師が薬師如来を本尊に開基、当初善楽寺といい別院を金剛院と称したといわれます。その後、兵乱で廃れました。
久安6年（1150年）、源為朝が当寺に宿を取り、牛頭天王の霊夢によって寺社を再興したと言われています。天正7年（1579年）、荒木村重の乱で炎上しましたが、文禄年間（1592年～1596年）、千僧村願成就寺（現安楽院）の地蔵院長照が入寺し中興しました。 文禄3年（1594年）、片桐且元の検地で除地となります。
寛文11年（1671年）、京都御室仁和寺の末寺となりました。貞享2年（1685年）、『摂津名所図会』によると近衛基熙が再建したとされます。明治33年（1900年）、本堂が全焼し、現在の本堂は旧持仏堂です。
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